Compte tenu de la complexité des enquêtes et poursuites relatives au trafic illicite de migrants, toute une série d'acteurs doivent y participer. Le Protocole des Nations Unies relatif au trafic illicite de migrants ne précise pas comment les services nationaux doivent coordonner leurs rôles et responsabilités. De nombreux États ont toutefois mis en place des organes ou des comités de coordination interorganismes pour travailler sur les questions liées au trafic illicite de migrants au sein de leur administration. Les approches pangouvernementales contribuent non seulement à l'élaboration et à la mise en œuvre de réponses politiques et stratégiques, mais aussi à la réussite des opérations. Le trafic illicite de migrants est une entreprise aux multiples facettes ; il est donc recommandé d'adopter une approche pluridisciplinaire, non seulement au niveau interministériel, mais aussi en coopérant avec des acteurs non-étatiques. Les ONG, les organisations internationales et le secteur privé peuvent venir appuyer les réponses nationales dans le cadre de diverses initiatives de renforcement des capacités, de coordination et d'échange de bonnes pratiques (Mann, 2018: 116). Il est, par exemple essentiel d'inviter les organisations issues de la société civile à participer aux opérations de lutte contre le trafic illicite de migrants afin de protéger et d'aider les migrants. Cela peut également contribuer à donner aux migrants les moyens d'aider les fonctionnaires à enquêter sur les passeurs et à les poursuivre en justice.
Il existe des obstacles conséquents à la coopération efficace des acteurs, en particulier lorsque leurs intérêts et programmes ne concordent pas, voire s'opposent.
Coopération inter-organisme
Les enquêtes à grande échelle peuvent impliquer plusieurs agences, qui sont toutes responsables de la poursuite de différents crimes résultant du trafic illicite de migrants ou allant de pair avec celui-ci. La coopération entre ces institutions doit être facilitée aux niveaux juridique et procédural.